Desa Kopandakan II lahir pada 04 Maret 1996 berdasarkan surat keputusan (SK) Gubernur Sulawesi Utara (Sulut) Nomor 46 Tahun 1996.
Desa Kopandakan dimekarkan menjadi dua desa. Yakni Kopandakan I dan Kopandakan II berdasarkan surat keputusan (SK) Gubernur Nomor 46 Tahun 1996, tertanggal 04 Maret 1996.